袁世凯死后，黎元洪继任大总统，段祺瑞任国务院总理。府、院之间矛盾尖锐，围绕参加欧战问题，斗争白热化，海军总长程璧光向黎元洪辞职。当时孙中山以段祺瑞毁弃《临时约法》，挟督军团乱政，正在上海与各方联络，决心举起护法旗帜，与段政府进行斗争。1917年6月9日，辞去段祺瑞内阁海军总长的程璧光抵达上海。他在与孙中山接触过程中，接受了孙的建议，参加护法运动。孙鼓励程与北京政府脱离关系，并为护法海军筹措了一笔经费。7月上旬，孙中山、章太炎等乘海军军舰先行赴粤。21日，程璧光与林葆怿率第一舰队南下广州。翌日，发表海军护法宣言。第一舰队系海军主力，来粤者有海琛、海圻、永丰等八舰，连同在粤的楚豫、永翔二舰，共十舰。舰队抵广州，受到热烈欢迎。9月1日，非常国会选举孙中山为海陆军大元帅。10日，军政府成立，程璧光任海军总长。

　　程璧光系广东香山（今中山市）人，早年曾加入兴中会，与国民党有渊源关系，拥有实力，与桂系首领也可说是朋友，所以，他成为各方重视、拉拢的人物，他与黎元洪关系密切，事实上，海军也需要给养，各种因素凑合到一起，便使他不可能旗帜鲜明地站在某一派别一边，而处于调和地位。

1917年8月间，广东省长朱庆澜无法忍受桂系欺凌，拟将省长亲军二十营交程璧光，改组为海军陆战队。孙中山亦想取得这支部队。经程璧光向桂系疏通，于10月18日由陈炯明接管，作为援闽粤军，开赴漳州。桂系在策略上联冯（国璋）制段（祺瑞），处处与孙中山为难。莫荣新代督广东后，变本加厉。孙欲借海军驱桂，但程不想与桂系决裂，不同意孙之所求。1918年1月3日晚，孙中山率“豫章”、“同安”二舰炮击观音山督署。事后程将两舰长撤职，引起孙中山左右的不满。唐继尧、岑春煊、李烈钧、程璧光等谋以西南各省联合会议图护法各省之统一，岑春煊、唐继尧、陆荣廷还想以联合会议取代军政府，并与北方议和，与直系不断联系。在程璧光支持下，公布了条例，开了成立会。国民党人对此深为不满。联合会议受阻，反孙各派转而推动联合会议与军政府合并，改组军政府为合议制。由程璧光疏通，2月2日孙中山、莫荣新、唐绍仪、伍廷芳等在海珠召开会议讨论改组军政府办法。孙亦无异词。这样，大元帅权力之削弱势在必行。此时，广东地方武人李福林、魏邦平、翟汪等主张易督，由程璧光兼任粤督。正在政局纷扰之际，2月26日晚8时，由朱执信所派刺客萧觉民、李汉斌在海珠岛（海军办事处所在）对岸枪击刚从广西回来的程璧光。程璧光弹中胸部，即时殒命。3月1日，非常国会根据孙中山的咨请，颁令国葬荣典。又追念其护法之功，在海珠公园建立铜像，以资纪念。